Ce secrétariat est un des organismes mis en place, il y a plus de 20 ans, par les évêques de l'Eglise Catholique de France. Il vise à maintenir des contacts réguliers avec des associations et des personnes appartenant à la religion musulmane, il conseille aussi les chrétiens (prêtres, religieux ou laïcs) que leur situation ou leur fonction amène à établir des liens plus suivis avec des croyants musulmans.

      Le secrétariat organise aussi des conférences et des sessions de formation, notamment en juillet. Il publie régulièrement une Lettre que l'on peut obtenir sur demande, ainsi que des dossiers sur des sujets plus précis concernant l'Islam de France et la théologie chrétienne sur le dialogue inter-religieux.

      Il dispose aussi d'une bibliothèque ouverte aux chercheurs et aux étudiants, tant chrétiens que musulmans.